Artenschutz
Gebäude brütende Wildvogelarten und Fledermäuse gehören zu den besonders bzw. streng geschützten Arten und genießen den Schutz des Bundesnaturschutzgesetzes (BNatSchG). Unter Schutz stehen nicht nur die Tiere selbst, sondern auch ihre Nist- und Zufluchtstätten an Gebäuden. Die Tiere und ihre Quartiere sind ganzjährig geschützt, das heißt, auch dann, wenn die Tiere z. B. jahreszeitlich bedingt nicht anwesend sind. Die Zerstörung der Quartiere oder Veränderungen daran sind zu jeder Jahreszeit untersagt. Den Tieren darf auch der Zugang zu ihren Nist- und Schlafplätzen nicht versperrt werden – z. B. durch Staubnetze oder Baugerüste. 
Der Schutz des Bundesnaturschutzgesetzes bezieht sich also nicht nur auf die Natur im klassischen Sinne, sondern auch auf Gebäude, so sie der natürlichen Lebensstätte entsprechen

Gesetze und Zuständigkeiten
Der Schutz von Gebäudebrütern und Fledermäusen ist im Bundesnaturschutzgesetz geregelt.

§ 44 Vorschriften für besonders geschützte und bestimmte andere Tier- und Pflanzenarten (Auszug)

(1) Es ist verboten,
1. wild lebenden Tieren der besonders geschützten Arten nachzustellen, sie zu fangen, zu verletzen oder zu töten oder ihre Entwicklungsformen aus der Natur zu entnehmen, zu beschädigen oder zu zerstören,
2. wild lebende Tiere der streng geschützten Arten und der europäischen Vogelarten während der Fortpflanzungs-, Aufzucht-, Mauser-, Überwinterungs- und Wanderungszeiten erheblich zu stören; eine erhebliche Störung liegt vor, wenn sich durch die Störung der Erhaltungszustand der lokalen Population einer Art verschlechtert,
3. Fortpflanzungs- oder Ruhestätten der wild lebenden Tiere der besonders geschützten Arten aus der Natur zu entnehmen, zu beschädigen oder zu zerstören,

Zuständig für die Einhaltung des geltenden Natur- und Artenschutzrechts ist die Untere Naturschutzbehörde. Ihr melden Sie einen beobachteten gesetzeswidrigen Übergriff auf Gebäudebrüter oder Fledermäuse
 

§ 45 Ausnahmen (Auszug)

(7) Die nach Landesrecht für Naturschutz und Landespflege zuständigen Behörden (...) können von den Verboten des § 44 im Einzelfall weitere Ausnahmen zulassen
           (...)
           5. aus anderen zwingenden Gründen des überwiegenden öffentlichen Interesses einschließlich solcher sozialer oder wirtschaftlicher Art.
Eine Ausnahme darf nur zugelassen werden, wenn zumutbare Alternativen nicht gegeben sind und sich der Erhaltungszustand der Populationen einer Art nicht verschlechtert, soweit nicht Artikel 16 Abs. 1 der Richtlinie 92/43/ EWG weitergehende Anforderungen enthält. Artikel 16 Abs. 3 der Richtlinie 92/43/EWG und Artikel 9 Abs. 2 der Richtlinie 79/409/EWG sind zu beachten. (…)

Der Ausnahmegenehmigung folgen in aller Regel Auflagen zum Artenschutz und zum Erhalt oder Ersatz der Quartiere. Sind die Belastungen in einem konkreten Fall unzumutbar, kann die Regierung von Oberbayern als Höhere Naturschutzbehörde eine artenschutzrechtliche Befreiung gem. §67 BNatSchG aussprechen:

Wer aber einfach loslegt und die Schutzvorschriften nicht beachtet, riskiert eine Baueinstellung und damit verbundene Kosten oder gar eine Strafe wegen Verstoßes gegen das Bundesnaturschutzgesetz.

§ 67 Befreiungen (Auszug)
 
(…)
 
(2) Von den Verboten (…)des § 44 sowie von Geboten und Verboten im Sinne des § 32 Absatz 3 kann auf Antrag Befreiung gewährt werden, wenn die Durchführung der Vorschriften im Einzelfall zu einer unzumutbaren Belastung führen würde. (…)

(3) Die Befreiung kann mit Nebenbestimmungen versehen werden. (…)

Wer aber einfach loslegt und die Schutzvorschriften nicht beachtet, riskiert eine Baueinstellung und damit verbundene Kosten oder gar eine Strafe wegen Verstoßes gegen das Bundesnaturschutzgesetz